Evoluţia acestui complex de clădiri aflat la marginea de vest a cetăţii este legată de ordinele catolice active în Timişoara secolelor XVIII-XIX.

Într-o primă fază, la cererea unor funcţionari din administraţia locală, franciscanii provinciei bosniece întemeiază în 1726 "Asociaţia Fraţilor de Cruce ai Sfântului Ioan de Nepomuk" (cunoscuţi şi ca "fraţii nepomuceni"), asociaţie deosebit de activă în primii zece ani de existenţă. Pe lângă ridicarea acelei primei statui a Sf. Nepomuk, care iniţial era poziţionată în mijlocul Pieţei Libertăţii, asociaţia reuşeşte să construiască şi un spital şi o farmacie, între 1735 şi 1737. Era primul spital din Timişoara.

La terminare, spitalul şi farmacia sunt predate Ordinului Mizericordienilor, chemat la Timişoara în 1737 special pentru aceasta. Mizericordienii erau un ordin catolic cu activităţi multiple în îngrijirea bolnavilor. Din voluminosul material documentar păstrat despre acest ordin în Timişoara în cei 200 de ani de existenţă a sa aici, reiese că au îngrijit bolnavi de toate confesiunile şi apartenenţele etnice – aceasta deci nu era doar un slogan.

Primii şase mizericordieni soseau la Timişoara de la Belgrad, sub conducerea vicarului Paulinus Temel.

Sosirea mizericordienilor în 1737 poate fi considerată o întâmplare fericită, căci peste doar un an Timişoara avea să fie lovită de epidemia de ciumă. Se pare că de această dată ciuma fusese adusă din Transilvania (unde deja bântuia epidemia) în Banat de către un regiment de infanterie. La acel moment spitalul acesta era încă singurul din oraş şi, ţinând cont de numărul mare de decese (cca. 1000) este uşor de înţeles ce sarcină eroică a căzut pe umerii călugărilor. Dealtfel, patru dintre cei şase fratres vor muri aici, cei doi rămaşi nemaiputând face faţă sarcinilor; cei decedaţi au fost înlocuiţi ulterior de alţii nou-veniţi.

Sprijiniţi financiar de persoane private, dar şi de administraţia locală, mizericordienii se dezvoltă încetul cu încetul. O donaţie substanţiala lăsată testamentar de către fostul guvernator al Banatului, baronul von Englshofen, în 1760 le-a permis să instaleze paturi de spital pentru femeile nevoiaşe în cadrul mănăstirii Sf. Ecaterina. Tot în sarcina mizericordienilor cădea şi îngrijirea bolnavilor mintal (cel puţin a foştilor preoţi suferinzi).

Mizericordienii şi-au construit şi o biserică, dar aceasta nu a fost totuşi prioritară pentru ei. Construcţia începe abia la 1748 şi se termină în mare la 1753; însă probabil că nu era terminată la detaliu. Încă în 1775 mizericordienii cereau episcopului Engl von Wagrain să sfinţească crucea ce urma a fi aşezată pe turnul bisericii.

Biserica cu hramul Sf. Iosif, o frumoasă clădire baroc, a fost grav avariată în timpul asediului din 1849, trebuind refăcută – în consecinţă aspectul baroc este în bună parte pierdut. Astăzi aceasta funcţionează ca biserică parohiala greco-catolică, cu acelaşi hram.

Pe lângă slujbe în biserica proprie, până la 1774 mizericordienii aveau grijă şi de parohia din Freidorf.

Farmacia mizericordienilor a funcţionat cu mari întreruperi, fiind închisă din lipsă de fonduri între 1760-1825. A fost redeschisă sub numele "Zum Granatapfel" (Farmacia "Rodia").